اسید متان سولفونیک به دلیل ماهیت غیر فرار و حلالیت در حلالهای آلی، به عنوان کاتالیزور در واکنشهای آلی مانند استری شدن، آلکیلاسیون و واکنشهای تراکمی استفاده میشود.
همچنین در تولید استرهای نشاسته، استرهای اکسید موم، استرهای اسید بنزوئیک، استرهای فنلی یا استرهای آلکیل نقش دارد.
این ماده در حضور حلال قطبی تتراهیدروفوران با سدیم بوروهیدرید واکنش میدهد و کمپلکس بوران-تتراهیدروفوران را تولید میکند.
به دلیل خلوص و عدم وجود کلرید، در باتریها کاربرد دارد. در صنعت داروسازی، برای تولید مواد دارویی فعال مانند تلمیزارتان و اپروسارتان استفاده میشود.
این ماده در کروماتوگرافی یونی مفید است و منبع کربن و انرژی برای برخی از باکتریهای متیلوتروپیک گرم منفی است. در تجزیه پپتیدها نقش دارد.